1、國家高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理辦法是為扶持和鼓勵(lì)高新技術(shù)企業(yè)的發(fā)展，根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》、《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》，國家知識產(chǎn)權(quán)戰(zhàn)略發(fā)展規(guī)劃、中國加入國際組織（WTO）等一系列政策的指引與配套政策出臺下誕生，主要是規(guī)劃、引導(dǎo)企業(yè)的生產(chǎn)、科研、日常制度等規(guī)范化，符合國家相關(guān)戰(zhàn)略思路。

2、軟件企業(yè)認(rèn)定管理辦法是關(guān)于貫徹國務(wù)院鼓勵(lì)軟件產(chǎn)業(yè)和集成電路產(chǎn)業(yè)發(fā)展若干政策實(shí)施意見，進(jìn)一步推動(dòng)本市軟件產(chǎn)業(yè)和集成電路產(chǎn)業(yè)的發(fā)展，結(jié)合本市實(shí)際情況，制定的相關(guān)政策。

軟件產(chǎn)業(yè)是知識經(jīng)濟(jì)時(shí)代的主導(dǎo)產(chǎn)業(yè)，對推動(dòng)經(jīng)濟(jì)發(fā)展具有極其重要的戰(zhàn)略意義。運(yùn)用市場機(jī)制，優(yōu)化資源配置，鼓勵(lì)自主創(chuàng)新，通過在政策、資金上予以特別支持，推動(dòng)軟件產(chǎn)業(yè)的跨越式發(fā)展，保持軟件產(chǎn)業(yè)在全國的領(lǐng)先地位，并盡快達(dá)到或接近國際先進(jìn)水平。

二、政府審批部門不同

1、高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定由各省、自治區(qū)、直轄市、計(jì)劃單列市科技行政管理部門同本級財(cái)政、稅務(wù)部門聯(lián)合評審；

2、軟件企業(yè)由軟件協(xié)會負(fù)責(zé)評審。

三、有效期限和年審規(guī)定不同

1、高新技術(shù)企業(yè)有限期為三年，不用年審，期滿后重新認(rèn)定。擬認(rèn)定的高新技術(shù)企業(yè)每年按照相關(guān)規(guī)定報(bào)統(tǒng)計(jì)和科委備案，同時(shí)在地方企業(yè)所得稅減免所辦理減免備案。

2、軟件企業(yè)實(shí)行每年年檢，根據(jù)軟件企業(yè)管理辦法規(guī)定的指標(biāo)和資料，提供相關(guān)資料，每年的六月份之前辦理軟件企業(yè)年檢，如果通過了，可以享受上一年度的企業(yè)所得稅減免，如果沒有通過，不能最享受企業(yè)所得稅減免。

四、企業(yè)所得稅優(yōu)惠不同

1、高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定后，在地方稅務(wù)局備案后，企業(yè)所得稅由原先的25%減少為15%。企業(yè)需要每年在稅務(wù)局做高新技術(shù)企業(yè)備案，通過后，才能享受到優(yōu)惠政策。

2、軟件企業(yè)認(rèn)定，在稅務(wù)局備案后，自獲利年度起，第一年和第二年免征企業(yè)所得稅，第三年至第五年減半征收企業(yè)所得稅。享受完五年優(yōu)惠后，不再享受任何企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策（包括高新企業(yè)優(yōu)惠政策），企業(yè)所得稅按照25%征收。

五、其他優(yōu)惠不同

（一）高新技術(shù)企業(yè)可享受的其他優(yōu)惠政策
1.經(jīng)認(rèn)定的國家高新技術(shù)企業(yè)，在部分園區(qū)可獲得10-35萬元的獎(jiǎng)勵(lì)；

2.經(jīng)認(rèn)定的國家高新技術(shù)企業(yè)為開發(fā)新技術(shù)、新產(chǎn)品、新工藝發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用，未形成無形資產(chǎn)計(jì)入當(dāng)期損益的，在按照規(guī)定據(jù)實(shí)扣除的基礎(chǔ)上，按照研究開發(fā)費(fèi)用的75%加計(jì)扣除；形成無形資產(chǎn)的，按照無形資產(chǎn)成本的175%攤銷；

3.經(jīng)國家科委認(rèn)定的高新技術(shù)企業(yè)，包括但不限于在國家的一些扶持項(xiàng)目申報(bào)上有幫助，有的項(xiàng)目申請還強(qiáng)制要求必須有國家高新資質(zhì)才能申請；

（二）軟件企業(yè)可享受的其他優(yōu)惠政策
1、軟件產(chǎn)品登記后，對增值稅一般納稅人銷售其自行開發(fā)生產(chǎn)的軟件產(chǎn)品，按16%的法定稅率征收增值稅后，對其增值稅實(shí)際稅負(fù)超過3%的部分實(shí)行即征即退政策。

2.軟件企業(yè)認(rèn)定后，在我國境內(nèi)設(shè)立的軟件企業(yè)可享受企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策。2012年1月1日以后創(chuàng)辦軟件企業(yè)經(jīng)認(rèn)定后，自獲利年度起，享受企業(yè)所得稅“二免三減半“的優(yōu)惠政策。

3.軟件生產(chǎn)企業(yè)實(shí)行增值稅即征即退政策所退還的稅款，由企業(yè)用于研究開發(fā)軟件產(chǎn)品和擴(kuò)大再生產(chǎn)，不作為企業(yè)所得稅應(yīng)稅收入，不予征收企業(yè)所得稅。

4.經(jīng)認(rèn)定的軟件生產(chǎn)企業(yè)的工資和培訓(xùn)費(fèi)用，可按實(shí)際發(fā)生額在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)扣除。

六、申報(bào)條件不同

（一）高新申報(bào)條件
1.注冊滿一年，擁有發(fā)明專利1項(xiàng)或軟著6項(xiàng)或?qū)嵱眯滦蛯＠?項(xiàng)等；

2.產(chǎn)品（服務(wù)）屬于《國家重點(diǎn)支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》規(guī)定的范圍；

3.具有大學(xué)專科以上學(xué)歷的科技人員占企業(yè)當(dāng)年職工總數(shù)的30%以上，其中研發(fā)人員占企業(yè)當(dāng)年職工總數(shù)的10%以上；

4.近三年研發(fā)費(fèi)用總額占銷售收入總額的比例：
（1）最近一年銷售收入小于5,000萬元的企業(yè)，比例不低于6%；
（2）在5,000萬元至20,000萬元的企業(yè)，比例不低于4%；
（3）在20,000萬元以上的企業(yè)，比例不低于3%。其中，企業(yè)在中國境內(nèi)發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用總額占全部研究開發(fā)費(fèi)用總額的比例不低于60%。
5.高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入占企業(yè)當(dāng)年總收入的60%以上；

（二）雙軟認(rèn)定申報(bào)條件
1.省級行政區(qū)域內(nèi)依法設(shè)立的企業(yè)法人；
2.大專以上人員占比≥40%，其中研究開發(fā)人員占比≥20%；

3.當(dāng)年度的研究開發(fā)費(fèi)用總額占企業(yè)銷售（營業(yè)）收入總額的比例≥6%；其中，企業(yè)在中國境內(nèi)發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用金額占研究開發(fā)費(fèi)用總額的比例≥60%；

4.軟件產(chǎn)品開發(fā)銷售（營業(yè)）收入占企業(yè)收入總額的比例一般≥50%（嵌入式軟件產(chǎn)品和信息系統(tǒng)集成產(chǎn)品開發(fā)銷售（營業(yè)）收入占企業(yè)收入總額的比例≥40%），其中軟件產(chǎn)品自主開發(fā)銷售（營業(yè)）收入占企業(yè)收入總額的比例一般≥40%（嵌入式軟件產(chǎn)品和信息系統(tǒng)集成產(chǎn)品開發(fā)銷售（營業(yè)）收入占企業(yè)收入總額的比例≥30%）；

5.主營業(yè)務(wù)擁有自主知識產(chǎn)權(quán)，其中軟件產(chǎn)品擁有省級軟件產(chǎn)業(yè)主管部門認(rèn)可的軟件檢測機(jī)構(gòu)出具的檢測證明材料和軟件產(chǎn)業(yè)主管部門頒發(fā)的《軟件產(chǎn)品登記證書》；

七、申報(bào)時(shí)間不同

1.2018年國家高新申報(bào)時(shí)間：一般是4/6月（具體根據(jù)每年政策安排時(shí)間）
2.2018年雙軟認(rèn)定申報(bào)時(shí)間：全年可受理